Po první misi na Abydos odešel plukovník O'Neill do důchodu. To se však změnilo po té, co na Zemi bránou zaútočí neznámý nepřítel, pravděpodobně Ra.

Jak je to možné? Ra musí být mrtvý, nemohl přece přežít výbuch atomové bomby. Stejně tak brána by měla být pohřbená. O'Neill je donucen povědět pravdu o tom, že bomba vybuchla na Raovo lodi, a že Daniel Jackson žije s lidmi na Abydosu.

Je sestaven tým, který má zjistit co se stalo... ukáže se, že existuje celá síť hvězdných bran, a útok tedy nemusel jít z Abydosu.

Zformovala se zápletka pro celý seriál - hvězdné brány jsou rozsety po celé galaxii...

Po té, co SG-1 úspěšně odrazila útok Apophise na Zemi se setkává s novými přáteli. Kromě mimořádně vyspělé rasy asgardů, kterou známe již z první řady jako Thorovu rasu se pozemšťané spřátelí i s tok'ry, goa'uldským odbojem. Jacob Carter, otec Sam, se stane jedním z nich.

Na konci série se však SG-1 dostane do zajetí goaulda Hathor.

Poprvé se setkáváme s replikátory, neznámým nepřítelem silnějším než jsou goauldi.

SGC získává nového zaměstnance - Jonase Quinna, jenž odešel z Kelowny, planety na níž byl mj. smrtelně ozářen Daniel Jackson. Poté, co Jonas prokáže své schopnosti, nastupuje v SG-1 na Danielovo místo. Právě včas, neboť jsme svědky nárůstu Anubisovy moci, a zaroveň se replikátorům podařilo vyvinout natolik, že se nyní vyskytují i v tzv. lidské formě složené z mikdoskopických neutriniových častic. Dozvídáme se také, jak replikátoři vlastně vznikli.

Povznesený Daniel Jackson se zde také objevuje, ale pouze v několika epizodách. Většinou jen proto, aby Jacka pobouřil svou bezmocností. Dozvídá se však, že původní povznesení bývali dříve Antikové. A co hůř, že Anubis je částečně povznesen také. Pod tíhou tohoto zjištění se Daniel pokusí Anubisovi zabránit ve zničení Abydosu, avšak ostatní ho zastaví.

Tato série je považována za jednu z těch horších, a to hlavně kvůli absenci Daniela, avšak i přesto zde můžeme nalézt několik velice kvalitních epizod.

Asi nejdůležitějším momentem této řady bude zřejmě návrat Daniela do zpět do hmotného stavu, neboť ostatní povznesení se očividně rozhodli dát mu ještě jednu šanci. Jonas proto vyklízí pozici a vrací se na Kelownu, aby se ještě jednou objevil v dějově nevýznamné epizodě a následně upadl v zapomnění. Bohužel zde zemře dr. Janet Fraiserová a na nějakou dobu tak z SG-1 mizí výraznější postava doktorky.

Staneme se též svědky objevení se nových Anubisových bojovníků, kteří jsou mnohem silnější a odolnější než jaffové, avšak brzy je vytvořena účinná zbraň pro jejich likvidaci.

No a v této sérii jsme se konečně dočkali - Anubis se vypravil se svojí flotilou, aby zotročil, případně zničil Zemi. V tom je mu však zabráněno hlavně díky přítomnosti antických vědomostí v hlavě Jacka O’Neilla, jež objeví na antarktidě velmi dobře vyzbrojenou antickou základnu, s jejíž pomocí se navíc později podařilo najít ztracené město Atlantis…

Tato série nám začíná radostným momentem; Jack je povýšen na brigádního generála a přebírá velení SGC a jeho prvním činem ve funkci je povýšení Samanthy Carterové na podplukovníka. Do galaxie se vracejí replikátoři pod vedením Pátého, později pak replikátora-kopie pplk. Carterové, a proto je pomocí O’Neillových vědomostí je sestrojen disruptor, jenž dokáže rozložit bloky replikátorů. Naneštěstí dokáže repli-Samantha upravit všechny brouky, čímž se disruptor stal nepoužitelným.
Anubisovy bývalé flotily se zmocňuje Baal a likviduje ostatní goauldy. Postupně se však ukáže, že Baal je pouhou loutkou v rukách Anubise, který přežil zničení své lodě na orbitě Země.

Dochází k obrovské invazi replikátorů do naší galaxie, čehož chce Anubis využít ke zničení veškerého života a Teal’s Bra’tacem k osvobození jaffského národa, neboť věří, že goauldská bezmoc dokáže váhajícím jaffům, že nejsou bezmocní. Nakonec jsou všichni replikátoři v nám známém vesmíru zničeni a jaffové získávají svobodu.

Po porážce goauldů všichni čekali, že v naší galaxii nastane období míru a rozkvětu. Naneštěstí se objevuje nový nepřítel, mnohem hrozivější než kdokoli předtím. Tímto nepřítelem jsou Ori, povznesené bytosti, jež sami sebe nazývají bohy a nutí nepovznesené bytosti v jim známém vesmíru, aby je uctívali. A díky Danielovi a Vale se dozvěděli také o naší galaxii, plné potenciálních věřících…
Stáváme se též svědky příchodu nového velícího důstojníka do SGC, gen. Landryho. Hlavní změnou je však nový velitel SG-1, jímž se stává pplk. Cameron Mitchell, Jack O'Neill se v seriálu už bohužel nevyskytuje. Dále můžeme sledovat počínání nově vzniklého jaffského národa, jenž neví jak naložit s nově nabytou svobodou.

No a jak to bylo doopravdy? MGM se zřejmě zalíbil přísun peněž, jež SG-1 zajišťovala. Proto došlo k naprosto bezvýznamnému prodloužení seriálu pomocí objevení nového nepřítele. Snaha co nejvíce ušetřit, aby se zvětšil zisk, je v 9. řadě vidět na každém kroku. Když pak připočteme úplnou absenci Richarda Deana Andersona v seriálu, získáváme zdaleka nejhorší sérii SG-1, jaká byla kdy natočena.

Do naší galaxie přilétá flotila Ori, jejich lodě jsou snad nezničitelné... první střet s nimi skončil katastrofou...

Jak to nakonec dopadne? To se dozvíme po reklamě v létě 2006.